实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）指的是在PCR进行的同时，对其过程进行监测的能力（即实时）。因此，数据可在PCR扩增过程中，而非PCR结束之后，进行收集。这为基于PCR的DNA和RNA定量方法带来了革命性的变革。在
荧光定量PCR(qPCR)中，反应以循环中检测到目标扩增的时间点为特征，而非在一定循环数后目标分子累计的扩增量。目标核酸的起始拷贝数越高，则会越快观察到荧光的显著增加。相反，终点法检测（也称“读板检测”）测量的是PCR循环结束时累计的PCR产物量。
荧光定量PCR将PCR扩增和检测合并为单一步骤。这样就无需使用凝胶电泳进行产物检测，更重要的是这一方法是真正定量的。在荧光定量PCR中，荧光染料被用来在热循环中标记PCR产物。荧光定量PCR仪器在反应的对数期测定荧光信号的积累，获得快速的PCR产物定量以及客观的数据分析。
荧光定量PCR分析常见术语：
扩增子：PCR过程而产生的DNA短片段
扩增曲线：根据荧光信号相对于循环数而制作的曲线
基线：PCR起始时，荧光信号还未发生变化的几个循环
Ct（阈值循环）：荧光信号超过NTC（无模板对照样品）固定阈值时的循环数。用于对扩增质量进行验证。
核酸目标：（也称为“目标模板”）——需要扩增的DNA或RNA序列
惰性参比染料：一种可作为内部对照，以用于在数据分析时对报告基团染料信号进行均一化的染料。均一化是对因浓度或体积变化而随之引起波动进行的必要校正。所有的SDSPCR试剂盒都提供了参比荧光对照。
Rn（均一化报告基团）：报告基团染料释放的荧光强度除以惰性参比染料释放的荧光强度
Rn+：一次反应的Rn值包含所有的组分，包括模板
Rn-：未反应样品的Rn值。Rn值可通过以下方式获取：
实时荧光定量PCR(qPCR)运行的早期循环（产生可被检测的荧光信号之前的循环），或不含有任何模板的反应。
ΔRn(deltaRn)：在特定PCR条件设置下所产生的信号量级。
ΔRn可通过以下公式计算：(Rn+)–(Rn-)标准品具有已知浓度的A样本，用于绘制标准曲线。通过使用不同浓度的标准品，您可构建用于未知样品定量分析的标准曲线。
阈值：早期PCR循环时Rn值的平均标准差，乘以相应的校正系数阈值应当设定在PCR指数扩增时的相关区域。
未知：具有未知模板量的样品。即，您需要进行检测的样品。
