免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）开始作为传统亲和柱色谱的改进方法而开发，包括将样品、洗涤溶液和其他溶液通过固定有靶点特异性抗体的多孔树脂（通常为琼脂糖）柱。我们将少量树脂加入到微量离心管中，并采取间歇式孵育，取代了重力式填充柱的免疫沉淀方法。在每个步骤中，将溶液加到填料中，然后混合并共同孵育（即，填料微球悬浮在溶液中）。在每个孵育步骤的后，通过离心使填料沉淀到管底，用移液器移除溶液。
与柱式亲和色谱层析不同，免疫沉淀的目标是仅分离足够用于蛋白免疫印迹分析或其他半定量或定量检测方法的蛋白质。通常，对已处理和未处理的样品进行比较，可评估目标蛋白的相对量。
免疫沉淀重要的一个目标是获得信噪比低，背景干净的结果。在实际应用中，改变某些参数可提高成功率。其中之一是优化抗体。蛋白A/G琼脂糖的使用虽然能得到可靠的结果，但是，直接将抗体和琼脂糖相连可降低背景，从而提高质量。此外，抗体与细胞抽提物的比例在很大程度上影响了结果的好坏。
如果有交叉反应，需要用亲和层析来纯化抗体。此外，还有一些降低背景的方法。首先，可在沉淀和洗涤的过程中增加盐和去污剂的浓度来降低非特异性结合；其次，可增加洗涤的次数，但是这种方法有可能同时减少相互作用的特异结合蛋白；第三，细胞抽提物可与蛋白A/G-Sepharose进行预先孵育，这样可去除与固相成分结合的非特异蛋白；第四，裂解液和沉淀缓冲液中都可加入1％牛血清白蛋白（BSA）来减少非特异结合。后，提高细胞抽提物中目标蛋白的含量或表达量，也可加强信号的强度。
