免疫组化原理很简单，苏木素染色法也是常用的一种染色方法。木素染色后的细胞核呈现蓝色，细胞浆呈现粉红色或红色。染色液也可以重复使用，直至认为效果不佳时再换用新的染色液。
免疫组化内质呈淡蓝黑色，外质收缩，剩下部分不着色或色泽更浅。圆形细胞核呈蓝黑色。居中的核仁呈黑色小圆点。核膜较薄，其内侧缘均匀，整齐地排列着一层细小的染色质粒。核仁与核膜之间可见到核网。被吞噬的红细胞呈蓝黑色采用苏木素染色液进行免疫染色后的复染，操作步骤简便，操作时间短。可以操作步骤简便，操作时间短或培养细胞的染色，或与免疫组织化学、免疫细胞化学、免疫荧光、原位杂交等配合使用。使用苏木素染色液染色后还可以进行免疫染色或其它染料的复染。
目前免疫组化技术应用于临床主要有以下几个方面：
1、肿瘤良恶性的判断：对于反应性增生还是肿瘤性增生，可用免疫球蛋白(Ig)的轻链抗体检测B淋巴细胞增生的单克隆或多克隆性来区别。
2、确定肿瘤分期：肿瘤分期是判断预后的一个指标，与是否浸润、有无淋巴管或血管侵袭密切相关，判断肿瘤是否浸润、有无淋巴管或血管侵袭。
3、细胞属性的判定：通过特定抗体标记出细胞内相应的抗原成分，来判定细胞的属性，确定肿瘤的来源。
4、确定来源不明的转移瘤的原发部位：对于来源不明的转移瘤，用该技术有助于确定恶性肿瘤的组织学来源，进一步确定原发部位。
5、对“未分化”恶性肿瘤的分类：未分化恶性肿瘤包括癌或肉瘤，在HE切片上由于肿瘤的“未分化”而缺少肿瘤细胞的起源特征不能分类，初步区分组织学类型用非特异性抗体，在其基础上再选用特异性抗体做进一步鉴定。
6、进一步分类不同器官与组织交界处肿瘤：由于重叠的特征，在一些组织器官交界处的肿瘤，仅凭组织学基础对肿瘤进行分类很困难。如发生于组织交界处的肿瘤有睾丸胚胎癌与精原细胞癌，两者较难区别，且治疗与预后显著不同，但用免疫组化检测角蛋白就较易于区别：角蛋白阴性则为精原细胞癌，而角蛋白阳性则为胚胎癌。
7、及时准确的发现微小转移灶：在常规组织切片中，辨别单个或几个转移性肿瘤细胞很难，淋巴结内窦性组织细胞增生与某些癌的早期转移有时也不易区别，而采用免疫组化方法，有助于及时准确的发现微小(癌)转移灶。
