免疫沉淀是利用抗原抗体特异性反应纯化富集目的蛋白的一种方法。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与ProteinA/G偶联的agarose或Sepharose珠子孵育，通过离心得到珠子-蛋白A/G-抗体-目的蛋白复合物，沉淀经过洗涤后，重悬于电泳上样缓冲液，煮沸5-10min，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，离心收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白。
原理：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在ArgaroseBeads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行检测，进而证明两者间的相互作用。
这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
免疫沉淀技术，是一项专门研究蛋白质相互作用的*技术，不过其现在也广泛的应用于基因领域的研究，比如转录调节蛋白的作用、靶向蛋白受体的筛选、基因蛋白产物表达的研究、RNA参与遗传物Chemicalbook质复制的方式以及DNA修饰的机制等等。该技术拥有灵敏度高、准确度高、特异性强的优点，所以在专一性结合物质的检测和筛选中得到的很好的应用，也成为相应实验中减少实验程序并缩短实验时间的理想方法之一。
