蛋白质组(proteome)一词它来源于protein和genome两个单词，它是指一个细胞、组织或生物个体基因组所表达的全部蛋白质的总和。对应于研究基因组(genome)的基因组学(genomics)，
蛋白质组学(proteomics)则是研究蛋白质组(proteome)的科学。
蛋白质组学是指系统研究某一基因组所表达的所有蛋白质，包括组成蛋白质一级结构的氨基酸序列，蛋白质的丰度，蛋白质的修饰以及蛋白质之间的相互作用。
蛋白质组学通常被认为是在基因组学和转录组学之后，生物系统研究的下一步。然而，蛋白质组的研究远比基因组学复杂，这是由于蛋白质内在的复杂特点，如蛋白质各种各样的翻译后修饰所决定的。
现阶段市面上流行的应用较广的蛋白质组学解决方案共有4中：TMT、iTRAQ、DIA和Label-free，这几种研究策略具有不同特点。
TMT/iTRAQ:
1、分离能力强：可分离出酸/碱性蛋白，小于10KD或大于200KD的蛋白、难溶性蛋白等；
2、适用范围广：可以对任何类型的蛋白质进行鉴定，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等；
3、高通量：可同时对多个样本进行分析，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析；
4、结果可靠：定性与定量同步进行，同时给出每一个组分的相对表达水平、分子量和丰富的结构信息；
5、自动化程度高：液质联用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。
Label_free:
1、无需标记，操作简单；
2、不受比较样品数限制，可进行大批量的样本检测；
3、对实验操作稳定性、重复性要求高；
4、准确性较标记定量略低；
5、前处理少，更多保留样本最原始信息；
6、对于低丰度多肽的覆盖程度更高；
DIA:
1、重复性好：DIA数据完整性为98%，DDA数据完整性为49%；
2、鉴定敏感度高，能鉴定更多低丰度蛋白；
3、定量准确性高，定量准确度与MRM技术相当，CV值可达10%左右；
4、通量高，无需同位素标记；
5、数字化蛋白信息，可回溯；
6、样本量大：DIA技术可以在一次实验中同时对几十、上百例样本进行差异表达蛋白质进行分析。
