RNA pull down技术 RNA pull down用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用，质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。

凝胶迁移实验EMSA/EMSA 蛋白质可以与末端标记的核酸探针结合，在琼脂糖胶或非变性胶中电泳时这种复合物比无蛋白结合的探针在凝胶中泳动的速度慢，即表现为相对滞后。该方法可用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性的抗体（supershift）来检测特定的蛋白质，进行未知蛋白的鉴定。

RIP技术（RNA结合蛋白免疫沉淀） RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。分析与目的蛋白结合的RNA.运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析

染色质免疫共沉淀（chip）/Chip assay/chip-seq 染色质免疫共沉淀技术主要应用于验证及探寻体内环境中，蛋白质和DNA的直接相互作用，旨在探索特定蛋白质在DNA上的特定结合序列，常在研究转录调控以及组蛋白修饰中被应用到。

免疫共沉淀（CO-IP）/CO-IP/免疫共沉淀 以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质x的抗体免疫沉淀x，那么与x在体内结合的蛋白质y也能沉淀下来。

免疫沉淀（IP）/IP/免疫沉淀 在细胞生物学研究中，有些靶蛋白表达水平不高，难以用免疫印迹的方法检测到。为此可用特异性识别靶蛋白的抗体进行免疫沉淀，纯化和富集靶抗原。